Расположен в долине реки Зарафшан восточнее города Самарканда, на высоте 900 метров над уровнем моря. Город богат своими достопримечательностями, архитектурными памятниками, прекрасной зоной отдыха на берегу реки Зарафшан.



На террасе второго уровня на левом берегу реки вблизи от центра современного города, расположено городище V—VIII вв. н. э. Продолжающиеся без перерыва уже 60 лет раскопки городища  раскрыли структуру богатого согдийского города эпохи раннего Средневековья, открыли замечательные настенные росписи согдийских мастеров.



К западу от Пенджикента расположено большое поселение Саразм, обживавшееся в четвертом-втором тысячелетиях до н. э. и демонстрирующее тесные культурные связи с ранними цивилизациями Ближнего Востока. Найденные руины Саразма говорят о том, что это городище было центром культуры Азии и народа Согда.



Архитектурный памятник XII—XIV вв. мавзолей Мухаммада Башоро находится на расстоянии 37 км от города в одном из прекрасных ущелий северных предгорий Зарафшанского хребта. Мавзолей Мухаммада Башоро один из известных памятников таджикского зодчества.