Исфара расположена в юго-восточной части Согдийской области, на стыке двух соседних государств — Узбекистана и Киргизии.
Исфару окружают высокие разноцветные горы. Природа Исфары очень разнообразна. Географически Исфара входит в систему Туркестанского хребта, которым окаймлена на юго-западе Ферганского котлована.
В Ферганской долине располагались крупнейшие города Центральной Азии, такие как Худжанд, Шураб, Наманган, Андижан, Коканд и Исфара. Исфара была долиной, через которую проходил Шёлковый путь, связывавший Китай, Азию с Европой. Исфара считается одним из древнейших городов Средней Азии. Впервые город был назван «Исфара» в X веке в «Истории Табари».
Период развития экономики и культуры Исфары связан с вхождением её в состав государства Саманидов.
Исфара в конце XIX и в начале XX века получила новый стимул развития, становясь крупным районом сельскохозяйственного производства Туркестанского края.
В Таджикскую ССР Исфара вошла в составе Ходжентского округа в октябре 1929 года.
