Музей был открыт 29 ноября 1986 г. в дни празднования 2500-летия Худжанда и работает в составе кафедры гуманитарных исследований при ректорате Худжандского государственного университета им. Б.Г. Гафурова. Он расположен в помещениях восстановленной в 1999 г. части восточной крепостной стены Худжандской крепости VIII-X вв., которая была частью фортификационной системы города. 

Толстые стены цитадели из сырцового кирпича были укреплены мощными башнями. Современное здание музея имитирует только внешний облик средневековой крепости. 

Основную часть коллекционных фондов составляют археологические коллекции и находки, полученные в ходе работ на территории Худжанда Северо-Таджикской археологической комплексной экспедиции АН ТССР в 1954-1986 годах. Коллекционный фонд музея насчитывает около 1200 предметов, почти половина из них постоянно экспонируется.