Музей был открыт 29 ноября 1986 г. в дни празднования 2500-летия Худжанда и работает в составе кафедры гуманитарных исследований при ректорате Худжандского государственного университета им. Б.Г. Гафурова. Он расположен в помещениях восстановленной в 1999 г. части восточной крепостной стены Худжандской крепости VIII-X вв., которая была частью фортификационной системы города.